Cluster

• La doc que vous recevez à la création de compte est sur la baie
• Le pole Calcul et Simulation Numérique dispose d'une page cluster avec une rubrique formation. Consultez là ! :)
• Vous pouvez joindre les admins à centaure-admins@listes.emse.fr

• La liste des logiciels disponible est sur softwares, ainsi que comment compiler certaines choses sur votre home.

Parfois, des job annulés ou finis restent sur les noeuds: il faut les tuer à la main.

Si vous ne savez pas bien où vous en êtes, listez les noeuds sur lesquels vous avez un process qui tourne. Créer un fichier “show_process.sh” avec le contenu:

if [ "$1" != "" ]
then
    echo "finding processes of $1"
    for hostList in $(sinfo -h | awk '{print $6}' | sort -u); do
        for host in $(scontrol show hostname $hostList); do
            echo $host; ssh $host "ps aux | grep $1";
        done;
    done;
else
    echo "No username given"
fi
                                                                                                                                                                      

Puis rendez le executable: `chmod +x show_process.sh` et enfin lancez le avec votre username: ` show_process.sh MON_LOGIN`

Une fois les noeuds identifiés:

On voit, par exemple, que le job a été lancé sur `compute-1-1`, donc on s'y connecte: `ssh compute-1-1 `

On liste les processus avec la commande `htop`.

Avec les flèches du clavier, déplacez vous sur le processus zombie, puis faites `F9`pour le tuer. Un menu s'ouvre à gauche, taper directement `entrée` pour le sigterm, ou déplacez vous en haut sur sigkill si il est récalcitrant. Normalement, il disparait de la liste, libérant la place.

Ensuite, pour nettoyer les fichiers, `cd /scratch`, puis `ls` pour trouver le dossier correspondant, et le supprimer, par example `rm -rf villani-xxxxx`.

Voilà !

Pour que la sortie donnée par la commande _squeue_ soit vraiment utile, vous pouvez configurer un alias pour votre shell. Ca colore vos propre job, étend la colonne avec le nom, etc. Si vous avez bash, dans ~/.bashrc, zsh, dans ~/.zshrc, etc:

alias squeue='squeue -o "%.5i %.9P %.22j %.8u %.2t %.10M %.5D %R" | GREP_COLOR="01;31" egrep --color=always "^.*$USER PD.*$|$" | GREP_COLOR="01;32" egrep -i --color=always "^.*$USER  R.*$|$"'

Let's say you want to use your code, for instance, flatori, on the cluster. To do that, you need to fill a file (per version of you code) containing the correct informations about path, etc. Let's say you want a module for version R0:

#%Module1.0##############
##
## Flatori modulefile
##

proc ModulesHelp { } { 
        global version modroot
        puts stderr "====== Flatori $version ======\n"
        puts stderr "Set correct environment variables and libraries \n"
}

set version     R0  
set FLATORI     /export/home/$USER/path/to/flatori/

prepend-path PATH $FLATORI/where/is/the/binary

Then, you need to inform your shell that this module configuration file exists, in our case, add the path “~/privatemodules” to $MODULEPATH in your shell rc. For bash, in your ~/.bashrc , add:

export MODULEPATH="$MODULEPATH:/export/home/$USER/privatemodules"

Et voilà, now you can see your module when typing `module avail`, and in our case, do `module load flatori/R0`