Liste des logiciels disponibles

* dispo en faisant `module avail` * Certaines personnes ont besoin de versions spécifiques de codes. Elles doivent être faites dans le home. Un exemple est donné ci dessous. Si un code peut être utile à tous les utilisateurs, vous pouvez envoyer un mail à `admin-centaure@emse.fr` pour l'installer en global.

Python

Référent: `aurelien.villani@emse.fr`

La distribution Python du cluster est Anaconda depuis juin 2020. La doc se trouve ici, et le principe de la distribution va être récapitulée ci dessous.

Les avantages par rapport à une distribution système de base:

plusieurs versions parallèles facilement gérables

pas besoin d'installer pythyon et ses modules sur tous les noeuds, tout est dans /export/apps

on peut personnaliser l'installation sur son home pour un coût d'espace disque modique.

Par défaut, deux modules sont dispos: anaconda/python2 et anaconda/python3 , qui seront toujours les dernières versions, régulièrement mises à jour, de python 2 et 3. Dans les deux cas, il suffit d'appeler `python` dans le fichier job, une fois le module chargé, et la bonne version sera lancée.

Il se peut que vous ayez besoin d'une version spécifique, ou d'un paquet qui n'est pas installé sur le cluster.

Pour un python spécifique, par exemple python 2.4, vous pouvez installer un environnement qui sera dans votre home, et lié à l'installation système:

Vous aurez alors une installation minimale sans les modules python du système. Pour activer cet environnement:

et pour revenir au défaut:

Vous pouvez installer une version spécifique d'un package aussi:

Compilations perso

Gpaw

Referent: `julien.favre@emse.fr`

Calcul DFT https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw/index.html

Gpaw est un peu galère à installer avec les support de FFTW et mpi.

Récupérer le soft avec git (vérifier dernière version stable sur la doc https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw/index.html ):

Modifiez le fichier 'siteconfig.py' aux alentours de la ligne 47 avec le bloc suivant:

Puis compilez dans votre home:

Un fichier job de test est donné en example: