Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- recherche:cluster:softwares [05/04/2023 00:08] – julien.favre
+++ recherche:cluster:softwares [05/04/2023 16:42] (Version actuelle) – julien.favre
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 ==== Utiliser MTEX sur le cluster ====
+Référent: `[[julien.favre@emse.fr]]`
 Mtex est un package utilisable avec Matlab pour traiter les cartes EBSD. La documentation est disponible sur : https://mtex-toolbox.github.io/
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 </Code>
-Normalement la compilation doit se dérouler sans problème. SInon, c'est dommage pour vous.
+Normalement la compilation doit se dérouler sans problème. Sinon, c'est dommage pour vous.
 Maintenant copiez certains fichiers obtenus de la compilation vers le répertoire de mtex que vous avez décompressé:
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 </Code>
 Pensez bien à modifier la version importée de matlab en mettant la commande module load matlab/R2020b
-Pour lancer un job matlab il faut bien utiliser la commande "matlab -nodisplay -nojvm -nodesktop -nosplash -r run_mtex" avec "run_mtex" le nom de votre fichier de script, vérifiez que c'est bien cette commande que vous avez dans le fichier job.
+Pour lancer un job matlab il faut bien utiliser la commande "matlab -nodisplay -nojvm -nodesktop -nosplash -r run_mtex" avec "run_mtex" le nom de votre fichier de script (sans marquer l'extension ".m"), vérifiez que c'est bien cette commande que vous avez dans le fichier job. Gardez le nom de script "run_mtex", car on va l'utiliser juste après...
-Une fois que vous avez fait ça, dans votre script il faut d'abord lancer Mtex, puis lancer votre script. Je vous propose de faire un script matlab de lancement, faites un fichier "run_mtex.m" contenant :
+Une fois que vous avez fait ça, dans votre script il faut d'abord lancer Mtex, puis après seulement lancer votre script de post-traitement. Je vous propose donc de faire un script matlab de lancement; faites un fichier "run_mtex.m" contenant :
 <Code:bash>
-cd /export/home/tartempion/mtex-5.9.0
+cd ~/mtex-5.9.0
 startup_mtex
-cd /export/tartempion/mtex
+cd ~/mtex
 monscriptmtexici
 </Code>
-avec "tartempion" votre nom d'utilisateur, et "monscriptmtexici" à remplacer par votre nom de fichier de script Mtex.
+avec "monscriptmtexici" à remplacer par votre nom de fichier de script Mtex (sans marquer l'extension ".m"). On suppose aussi ici que votre répertoire de travail est /export/home/tartempion/mtex. Donc pensez bien à ajuster ce nom de répertoire dans le script de lancement.
-Donc quand vous lancez un traitement depuis un dossier de travail, mettez le fichier job dedans, qui lance run_mtex.m, qui lance mtex et lance votre script. A priori ça devrait marcher. Sinon, n'hésitez pas à compléter ce tuto...
+Pour résumer, quand vous lancez un traitement depuis un dossier de travail, mettez le fichier job dedans, celui-ci va lancer run_mtex.m, qui démarre Mtex et lance votre script. A priori ça devrait marcher. Sinon, n'hésitez pas à compléter ce tuto...