Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- recherche:cluster:softwares [04/04/2023 23:54] – julien.favre
+++ recherche:cluster:softwares [05/04/2023 16:42] (Version actuelle) – julien.favre
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 ==== Utiliser MTEX sur le cluster ====
+Référent: `[[julien.favre@emse.fr]]`
 Mtex est un package utilisable avec Matlab pour traiter les cartes EBSD. La documentation est disponible sur : https://mtex-toolbox.github.io/
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 </Code>
-Normalement la compilation doit se dérouler sans problème.
+Normalement la compilation doit se dérouler sans problème. Sinon, c'est dommage pour vous.
+Maintenant copiez certains fichiers obtenus de la compilation vers le répertoire de mtex que vous avez décompressé:
+<Code:bash>
+cp ~/nfft-3.5.3/matlab/nfsoft/nfsoftmex.mex* ~/mtex-5.9.0/extern/nfft_openMP
+cp ~/nfft-3.5.3/matlab/nfsft/nfsftmex.mex* ~/mtex-5.9.0/extern/nfft_openMP
+cp ~/nfft-3.5.3/matlab/nfft/nfftmex.mex* ~/mtex-5.9.0/extern/nfft_openMP
+</Code>
+) Installation à proprement dit de Mtex.
+Naviguez dans le répertoire d'installation de Mtex avec la commande cd ~/mtex-5.9.0/
+Vérifiez bien que vous avez importé GCC9 et Matlab avec "module load gcc/9.3.0" et "module load matlab/R2020b"
+Lancer la commande "matlab -nodisplay -nojvm -nodesktop -nosplash -r install_mtex" (c'est mieux de lancer ça d'un noeud de calcul ou bien du noeud compute-build)
+Normalement Mtex va s'installer...
+) Vous pensez avoir fini... ben non... En fait quand on lance Matlab, Mtex ne se lance pas spontanément. Donc pour lancer un job avec Mtex il faut quelques astuces.
+Déja, commencez par générer un fichier job pour votre calcul avec :
+<Code:bash>
+module load tools/cluster-bin
+cluster-create-slurm-script-01.sh -matlab
+</Code>
+Pensez bien à modifier la version importée de matlab en mettant la commande module load matlab/R2020b
+Pour lancer un job matlab il faut bien utiliser la commande "matlab -nodisplay -nojvm -nodesktop -nosplash -r run_mtex" avec "run_mtex" le nom de votre fichier de script (sans marquer l'extension ".m"), vérifiez que c'est bien cette commande que vous avez dans le fichier job. Gardez le nom de script "run_mtex", car on va l'utiliser juste après...
+Une fois que vous avez fait ça, dans votre script il faut d'abord lancer Mtex, puis après seulement lancer votre script de post-traitement. Je vous propose donc de faire un script matlab de lancement; faites un fichier "run_mtex.m" contenant :
+<Code:bash>
+cd ~/mtex-5.9.0
+startup_mtex
+cd ~/mtex
+monscriptmtexici
+</Code>
+avec "monscriptmtexici" à remplacer par votre nom de fichier de script Mtex (sans marquer l'extension ".m"). On suppose aussi ici que votre répertoire de travail est /export/home/tartempion/mtex. Donc pensez bien à ajuster ce nom de répertoire dans le script de lancement.
+Pour résumer, quand vous lancez un traitement depuis un dossier de travail, mettez le fichier job dedans, celui-ci va lancer run_mtex.m, qui démarre Mtex et lance votre script. A priori ça devrait marcher. Sinon, n'hésitez pas à compléter ce tuto...